Dá pra criar e editar um formulário pelo Web Service do Fluig.
Eu só fiz isso usando o WS em SOAP. Nele é só usar o ECMCardIndexService. Esse serviço tem várias opções para criar e editar formulários (usei mais a operação createSimpleCardIndexWithDatasetPersisteType e updateSimpleCardIndexWithDatasetAndGeneralInfo).
Em ambas operações precisa passar um array com o nome do arquivo html do formulário, indicar que ele é o documento principal e enviar o documento html em base64. Assim o Fluig vai fazer um parser procurando os campos pra criar o formulário no banco de dados.
Aí você precisa de alguma forma interpretar o seu Word convertendo ele num formulário HTML e aí enviar pro Fluig.
