O Fluig salva um CRC pra saber se o arquivo foi modificado, então se alterar externamente dá esse problema mesmo.
Nesse Post comentam sobre isso. Que basta editar as propriedades do arquivo, via API mesmo, que o Fluig já recalcula o CRC.
Mas se o seu outro serviço não consegue executar a API terá uma dificuldade com isso.
