Eu recomendo que cada projeto seu criado no eclipse, com a estrutura de pastas de projetos Fluig, seja um repositório!
E ainda recomendaria que cada pasta tenha seu READ.ME
Assim como o @fluigor.com.br disse, sou totalmente a favor de que cada projeto tenha seu repositório. Na verdade eu acharia super estranho ver 1 repositório com mais de um projeto.
No meu caso eu mantenho a estrutura padrão que o Eclipse gera para um projeto Fluig, porém adiciono 2 pastas: documentation e emailTemplates.
A emailTemplates eu deixo salvo todos os templates de e-mail usados no projeto. Isso facilita muito na hora de dar manutenção, afinal conseguir esses templates importando do Fluig é uma missão que só se resolve com chamado ou com acesso direto ao servidor.
Na documentation eu documento tudo do projeto. Coloco orientações sobre permissões, processos, etc. No meu caso que faço integrações com o RM e preciso criar SQL customizada no RM, coloco também essas consultas na documentação.